1

药物制剂研究所

药学院

2

针灸经络研究所

针灸推拿学院

3

中药资源保护与开发研究所

药学院

4

中医呼吸病防治研究所

一附院

5

中医脑病防治研究所

一附院

6

中药药效与安全评价研究所

药学院

7

药物化学研究所

药学院

8

中西医结合研究所

中西医结合学院

9

中医基础理论研究所

中医学院

10

中医养生康复研究所

针灸推拿学院

11

中医药文化研究所

人文与国际教育交流学院

12

医史文献研究所

中医学院

13

计算机中医应用研究所

医药信息工程学院

14

中医临床分院

一附院

15

中医药糖尿病治疗研究所

一附院

16

外科研究所

一附院

17

中医风湿病防治研究所

一附院

18

中医心血管病防治研究所

一附院

19

针灸临床研究所

二附院

20

神经病学研究所

三附院

21

亳州分院

亳州职业技术学院

22

黄山新安医学研究中心

黄山新安医学研究中心

23

祁门蛇伤研究中心

安徽省祁门县蛇伤研究所

24

霍山石斛研究中心

霍山县人民政府、安徽中医药大学